ГПЗ «Рдейский» расположен в юго-западной части Новгородской области, на территории Холмского и Поддорского административных районов. Протяженность заповедника с севера на юг 42 км и с востока на запад – 25 км.
Географические координаты заповедника :
| I. | Северная точка | 57 гр. 23 мин. 34 сек. СШ; 30 гр. 53 мин. 21 сек. ВД |
| II. | Западная точка | 57 гр. 17 мин. 45 сек. СШ; 30 гр. 32 мин ВД |
| III. | Восточная точка | 57 гр. 17 мин. СШ; 30 гр. 56 мин ВД |
| IV. | Южная точка | 57 гр. 00 мин. 12 сек. СШ; 30 гр. 40 мин. 32 сек. ВД |
Администрация и центральная усадьба ГПЗ «Рдейский» находится в г. Холм Новгородской области, в 200 км к югу-юго-западу от города Великого Новгорода.