Полистово-Ловатская верховая болотная система расположена на северо-западе Европейской территории России, на границе Новгородской и Псковской областей. Полистово-Ловатский массив имеет общую площадь около 93 000 га.
Заповедник расположен в восточной части Полистово-Ловатского болотного массива, на территории Новгородской области в пределах Холмского и Поддорского районов.
Площадь заповедника 36 922 га. На территории заповедника запрещается любая деятельность, противоречащая задачам заповедника и режиму особой охраны его территории.
На прилегающих к территориям заповедника участках земли создана охранная зона площадью 4 844 га, здесь установлен ограничительный режим природопользования.
