По физико-географическому положению район находится в Ильмень-Ловатском округе плоских, местами заболоченных равнин с дерново-подзолистыми, торфяными и дерново-торфянисто-подзолисто-глееватыми почвами на бескарбонатных моренных суглинках и глинах или озёрно-ледниковых песках и супесях северо-западной ландшафтной провинции Русской равнины. Почвообразование осуществляется под еловыми сложными лесами (с лещиной, липой, клёном и дубо-травяным покровом) или осиновыми и берёзовыми дубравно-травяными лесами производными от сложных ельников. Значительные площади заняты болотными и заболоченными сосновыми лесами.
Торфяно-глеевые почвы верховых болот имеют мощный (30-50 см)торфянистый слой, преимущественно из слабо и полуразложившися остатков болотных растений, ниже которого находится минеральный, сильно прокрашенный точечным гумусом глеевый горизонт. Торфяные болотные почвы формируются на верховых болотах имеющих мощность торфа 0,5-2 м – то есть на основной площади Рдейского болотного массива. Их профиль целиком состоит из органических горизонтов. Почвы имеют очень кислую реакцию pH=2,8–3,4.
Рдейский массив отличается большой мощностью торфа. Так в районе северных озёр и дальше на север его глубина 6 – 8,25 м. под вершиной западной ложбины мощность торфа не менее 4 м, а нередко свыше 5м. На большей части массива верховая часть залежи подстилается толщей низинных торфов 2–2,5 м мощностью. В западной ложбине вместо низинных торфов залегает слой сапропеля до 1,5–2 м и даже до 4 м мощности. Под значительной частью массива на дне имеется тонкий слой водных отложений – сапропеля и водных торфов (скорпидиум, тростниковй торф и т.д.).
Можно так же отметить относительное разнообразие видов залежи, вытекающее из того, что в этом массиве сочетаются виды, свойственные торфянникам средней торфяно-болотной и северо-западной болотноторфяной областей, и, кроме того торфянники озёрного происхождения сочетаются с возникшими на минеральных грунтах.