Полистово-Ловатский болотный массив относится к Ладожско-Ильменско-Западнодвинской провинции широколиственно-хвойных лесов и выпуклых грядово-мочажинных болот (Кац, 1971). Территория заповедника «Рдейский» располагается в северной части зоны хвойно-широколиственных лесов. Собственно на территории заповедника и в его охранной зоне в юго-восточной части произрастают елово-широколиственные и даже широколиственные леса.
Леса минерального побережья, так же как и леса близких к нему минеральных островов внутри болота, в течение последних столетий неоднократно вырубались, а большая часть расчищенных пространств распахивалась или использовалась как сенокосы. В настоящее время большинство лесов в охранной зоне и в окрестностях заповедника представлено относительно молодыми одновозрастными лесами. Наиболее распространены елово-мелколиственные и еловые леса. Многие ельники посажены относительно недавно – в 70-е и 80-е годы прошлого века. В заповеднике к повышенным элементам рельефа в юго-восточной части (урочище Горки Лесовые, остров Зелёный) приурочены участки хвойно-широколиственных и широколиственных лесов. Местами здесь и в охранной зоне сохранились старовозрастные осинники с богатым подростом. В охранной зоне хвойно-широко-лиственные леса встречаются на относительно хорошо дренированных участках вдоль долин речек (Близнея, Горелка). В травяном покрове широколиственных и елово-широколиственных лесов встречены такие виды, как Huperzia selago, Cinna latifolia, Festuca altissima, G. lithuanica, Carex sylvatica, Polygonatum multiflorum, Sanicula europaea, Pulmonaria obscura, Galium odoratum, G. triflorum и др.
Леса минеральных островов. На относительно высоких и небольших по площади островах древостой формируется под влиянием периодически случающихся ураганов и сильных ветров. Высота древостоя здесь обычно не превышает 15 м, деревья редко достигают большого возраста. Среди больших по площади невысоких островов немало таких, которые ранее были населены: Межник, Домша, Еловик, Осиновая Грива, Андрианов и др. На берегу озера Рдейское (вне территории заповедника) сохранились постройки Рдейского монастыря конца XIX – начала XX века. В настоящее время населенных островов нет, но многие из них до сих пор связаны зимниками с деревнями на минеральном берегу, и до недавнего времени безлесные участки на них регулярно скашивались. Леса на очень многих островах были вырублены в предвоенные годы, как и на близких к ним участках минерального берега. На многих островах в составе древостоя преобладают широколиственные породы. Так на островах Липовец и Горбатый (и др.) преобладают липы, на острове Андрианов местами сохранились старовозрастные ильмовники и ясени, на многих островах наблюдались дубы и клены. На островах в северной части заповедника древостой представлен березой пушистой с примесью сосны и ели. Из изученных нами островов самыми богатыми по флоре представляются Андрианов, Осиновая Грива, Еловик. Очень отличается по составу флоры остров Святой (Гряда), где встречены Lycopodium complanatum, Briza media, Viola × neglecta, Pimpinella nigra, Pyrola chlorantha, Achilea ptarmica, Centaurea × livonica Weinm. (C. jacea × C. phrygia).
Луга на территории заповедника и в охранной зоне – это луга на месте бывших деревень и хуторов, бывшие сенокосы и залежи на месте поселений. Сейчас это множество урочищ разного размера, в центре некоторых из них сохранились остатки деревенских посадок. Очень богатый по составу флоры луг находится в урочище Горки Лесовые. Здесь произрастают Briza media, Gladiolus imbricatus, Gymnadenia conopsea, Linum catharticum и др. Своеобразные заболоченные луга возникают в результате затопления бобрами территорий в поймах ручьев после того, как вода с плотин бывает спущена. Они занимают в охранной зоне заповедника значительную площадь.
Болотная растительность. И.Д. Богдановская-Гиенэф (1969) выделяет следующие 5 основных комплексов биогеоценозов Полистово-Ловатского массива (описание их дается по ее книге):
1. Сосново–пушицево–сфагновые биогеоценозы. На Полистово-Ловатском массиве встречаются нередко, но имеют незначительное распространение. Они связаны с небольшими, хорошо дренированными участками маломощной залежи, глубиной до 2–3 м. Как правило, образуются при отмирании соснового леса в результате заболачивания. Сосна представлена формами Litwinowii и Willkommii. В травяно-кустарничковом ярусе обильны: пушица влагалищная (Eriophorum vaginatum), кустарнички – кассандра (Chamaedaphe calyculata) и подбел (Andromeda polifolia). Сплошной сфагновый покров образован Sphagnum magellanicum, Sph. angustifolium и реже Sph. fuscum.
2. Сфагновые переходные топи. Один из наиболее распространенных болотных комплексов на территории Полистово-Ловатского болотного массива и Рдейского заповедника. Они встречаются либо узкими полосами вдоль минерального побережья болота и островов, либо крупными массивами, занимающими большие пространства, например, переходная топь к востоку от Глухой речки Хвалютинской. Формируются в условиях плохого дренажа при обильном подтоке воды из окружающих верховых болот и застаивании атмосферных осадков. Топи отличаются изумительно ровной поверхностью. Лишь изредка возвышаются над ярусом из сфагновых мхов округлые кочки с кассандрой или подбелом на фоне Polytrychum strictum. Другая характерная черта переходных топей – почти полное безлесье. Иногда встречаются одиночные мелкие березки (Betula pubescens). Фоном выступает наиболее распространенная растительная ассоциация – Carex limosa + Menianthes trifoliata – Sph. cuspidatum (Ковалевич, 2007). Довольно часты вымочины, в которых сфагны отмирают. Среди топей нередко встречаются извилистые полосы с тростником (Phragmites australis) или осокой топяной (Carex limosa), почти лишенные сфагнового покрова. Нами на сфагновых переходных топях встречены и широкие полосы пухоноса альпийского (Trichophorum alpinum), не наблюдавшиеся в западной части массива в заповеднике «Полистовский». Шейхцерия (Scheuchzeria palustris) имеет большое значение в этом биогеоценозе. Своими крепкими корневищами она образует прочную сеть, по которой человек может проходить через погребенные речки. Отмершие остатки шейхцерии выделяют газы, среди которых преобладает метан, к тому же они обладают способностью вызывать всплывание поверхностного слоя торфяника. Это явление часто ведет к образованию зыбунов в сфагновых переходных топях.
3. Грядово-мочажинный комплекс. Занимает наибольшую площадь из всех комплексов верховой части Полистово-Ловатского массива. Такое значительное распространение объясняется особенностями рельефа поверхности массива, а именно большой площадью склонов, на которых он развивается (на уклонах от 0,001–0,002 до 0,008 град.). Основная особенность этого биоценоза – параллельное расположение гряд и мочажин, вытянутых в направлении, перпендикулярном уклону. И.Д. Богдановская-Гиенэф (1969) разделяла этот комплекс на два типа: 1) с ассоциацией Sphagneta magellanici на грядах; 2) со Sphagneta fusci на грядах. Внутри этих типов она выделила еще несколько вариантов, различающихся местоположением на склоне, длиной и шириной гряд и мочажин, соотношением их площадей, растительным покровом, степенью обилия и характером роста сосны.
Грядово-мочажинный комплекс имеет разный характер на протяжении склона, размер мочажин увеличивается от верхней части склона к нижней. Гряды занимают от 40 до 60% от общей площади болотного комплекса. Они имеют высоту около 0,5 м и вытянуты поперек склона, их ширина от 1 до 4-8 м. Длина гряд может достигать нескольких десятков метров. На грядах располагается сосна различных форм, иногда она отсутствует или замещается карликовой березкой (Betula nana). Здесь обычны кассандра и подбел, иногда встречаются морошка (Rubus chamaemorus), часто вереск (Calluna vulgaris). Мочажины различаются размерами, степенью обводненности, характером микрорельефа, растительностью. Ширина мочажин от 1 до 20 м, длина – от нескольких метров до нескольких десятков метров. В растительном покрове мочажин встречаются очеретник (Rhynchospora alba), шейхцерия, подбел, осоки, росянки, пушица узколистная, сфагновые мхи.
4. Вершинные сосново-сфагновые комплексы. Развиваются на вершинах, например, на Межницкой, а также на склонах со значительным уклоном. Для этих склонов характерна сильная дренированность, в результате которой грядово-мочажинные комплексы не развиваются. Такие склоны на территории Полистово-Ловатского болотного массива встречаются редко. В этих условиях формируется сплошной покров из сфагновых мхов. Очень характерно обильное развитие пушицы, покрытие которой достигает здесь 40%. В большом количестве встречаются морошка, кассандра, багульник, подбел. Сосна представлена всеми тремя болотными формами, но в основном формой Litwinowii. Наиболее характерны вершинные сосново-сфагновые комплексы для выпуклых и узких вершин. Преобладающими ассоциациями в них являются Pinus sylvestris – Calluna vulgaris – Sph. fuscum, Pinus sylvestris – Chamaedaphne calyculata – Sph. magellanicum – Sph. fuscum. На моховом ковре характерно присутствие голубики и брусники. Морошка часто отсутствует, но местами степень её покрытия достигает 70%. Иногда имеются пятна лишайников.
5. Озерно-денудационный комплекс расположен на относительно ровных участках с ослабленным стоком в краевых частях болотного массива или, наоборот, в центре. Для него характерны водные жилы с медленно текущей водой и значительное содержание газов в верховой толще залежи. Озерки могут быть расположены полосами или (реже) быть разбросанными. Микрорельеф грядовый, но ширина гряд около 2 м, часто они распадаются на отдельные бугры. Гряды занимают 25–30% поверхности, что намного меньше, чем в грядово-мочажинном комплексе. На них преобладают сфагновые мхи (Sph. rubellum и Sph. fuscum), в значительном количестве встречаются вереск, пушица, кассандра, иногда пятна лишайников. Характерна редкая сосна формы Willkommii, высотой обычно меньше 1 м, и формы pumila, широкие куртины которой возвышаются над мхом на 20–40 см. Изредка растут тонкие березы Betula pubescens, высотой до 2,5 м. Своеобразный облик придают этому комплексу мочажины. Они бывают 4-х видов: 1) сфагновые; 2) юнгерманивые, или черные мочажины – занимают наибольшую площадь, в них произрастают печеночные мхи (Gymnocolea inflata и Cephalozia fluitans); 3) денудированные пятна торфа – представляют собой голый торф, который, окисляясь, принимает черный цвет; 4) мочажины с нетипичной для верхового болота растительностью – имеют, по мнению И.Д. Богдановской-Гиенеф, большое индикаторное значение. В последних чаще всего встречаются заросли необычно высокой (до 40 см) и густой шейхцерии площадью 1-2 м2. Также отмечены вахта и пушица узколистная (Eriophorum angusti-folium).
Растительность рек и озер. Болотные озера относительно однообразны по флоре и растительности – здесь встречаются только заросли кубышки (Nuphar lutea), тростника (Phragmites australis) и рдеста плавающего (Potamogeton natans). Иных гигрофитов не зарегистрировано. В озерках озерно-денудационного комплекса иногда встречается кувшинка (Nymphaea candida). Флора и растительность небольших речек в охранной зоне богаче – здесь найдены рдесты (Potamogeton alpinus, P. berchtoldii Fieb.), ежеголовки (Sparganium glomeratum, S. minimum, S. simplex).